Suzume, una chica de 17 años que vive en un tranquilo pueblo en Kyushu, conoce a un joven que está en un viaje "buscando puertas". Suzume lo sigue hasta un edificio en ruinas en las montañas y encuentra una puerta solitaria, intacta, como si "ella" sola se hubiera salvado de la devastación. Suzume se siente atraída por un poder invisible y extiende la mano hacia la puerta. Pronto, comienzan a abrirse puertas por todo Japón una tras otra. Las puertas que se abrieron deben ser cerradas para evitar el cataclismo que yace al otro lado. Los lugares en los que se adentran tienen un cielo donde todas las horas del día parecen mezclarse. Atraída por las misteriosas puertas, comienza el "viaje de cerrar puertas" de Suzume.
