La estudiante de secundaria Ryuko Matoi llega a la Academia Honnoji en busca de la mujer que posee la otra mitad de la Tijera Espada, implicada en el misterio que envuelve la muerte de su padre.
En esta academia, los estudiantes visten Uniformes Supremos que les otorgan habilidades especiales y por encima de ellos Satsuki Kiryuin, la presidenta del Consejo Estudiantil, gobierna con mano de hierro. Esta afirma saber algo sobre la Tijera Espada. Ryuko trata de hacerle decir la verdad, pero... ¿su encuentro ha sido fruto de la casualidad o cosa del destino? El caos que se desata entonces en la Academia Honnoji amenaza con arrastrarlo todo.
